بنابر اعلام دفتر بررسي و ارزيابي پژوهشي وزارت علوم، تحقيقات و فناوري، در سال 1386 پژوهشکده علوم پايه کاربردي جهاددانشگاهي بيشترين شمار مقاله‌هاي نمايه‌سازي شده ‏ISI‏ در ارزيابي و رتبه‌بندي عملکرد پژوهشي موسسات پژوهشي وابسته به نهادهاي عمومي را داشته ‌است.
به گزارش روابط عمومي  پژوهشكده علوم پايه كاربردي جهاددانشگاهي،در ارزيابي پژوهشي به عمل آمده در سال 1385 نيز اين پژوهشکده بيشترين مقاله‌هاي ‏ISI‏ را دارا بوده ‌است.ح/الف