هيأت امناء
جهاددانشگاهي‌مطابق اساسنامه مصوب جلسات 262 و 263 شوراي عالي انقلاب فرهنگي "نهادي است عمومي و غيردولتي زير نظر شوراي عالي انقلاب فرهنگي، داراي شخصيت مستقل" با اهداف" گسترش تحقيقات و شكوفايي روحيه تتبع استعدادها،درسطح جامعه براي نيل به خود اتكايي ، توسعه امور فرهنگي، گسترش طرحهاي كاربردي و نيمه صنعتي" با وظايفي كه در ماده سوم اساسنامه به عهده آن گذاشته شده است فعاليت دارد.
در اساسنامه براي اين نهاد سه ركن در نظر گرفته شده است.
- عالي‌ترين مرجع سياستگزاري (هيأت امناء)
- بالاترين مقام اجرايي (رئيس جهادانشگاهي)
- تعيين كننده خط مشي و ناظر بر فعاليتها (شوراي علمي)
هيأت امناء جهاددانشگاهي براساس ماده چهارم و پنجم اساسنامه مصوب شوراي عالي انقلاب فرهنگي به عنوان يكي از اركان جهاددانشگاهي به عنوان ،" عالي‌ترين مرجع سياستگزاري" اين نهاد شناخته مي‌شود.
در جهت اجراي وظايف كلي جهاد و اجراي سياست‌هاي تبيين شده توسط هيأت امناء و جهت فراهم آوردن زمينه فعاليتهاي علمي و پژوهشي، اجراي دوره‌هاي رسمي و آموزش‌هاي علمي كاربردي و تبليغ و ترويج فرهنگ و هنر اسلامي و برنامه‌ريزي فرهنگي و تربيتي، چهار حوزه معاونت پژوهش و فناوري، آموزشي، فرهنگي، پشتيباني و امور مجلس در ستاد مركزي جهاد كه "دفترمركزي جهاددانشگاهي" ناميده مي‌شود تشكيل شده است.
اعضاء هيأت امنا
براساس اساسنامه جهاددانشگاهي (اصلاح شده در آذرماه 79) هيأت امناي جهاددانشگاهي با تركيب ذيل تشكيل مي‌شود؛ دكتر محمد حسين يادگاريرييس جهاددانشگاهي و رييس هيأت امنا، حجت‌الاسلام و المسلمين محمد محمديان رئيس نهاد نمايندگي مقام معظم رهبري در دانشگاهها،دكترابراهيم عزيزي معاون برنامه ريزي و نظارت راهبردي رييس جمهور، دكتر كامران دانشجو وزير علوم تحقيقات و فناوري، دكتر مرضيه وحيد دستجردي وزير بهداشت درمان و آموزش پزشكي، دكتر محمد رضا مخبردزفولي دبير شوراي عالي انقلاب فرهنگي و آقايان قادر آشنا ، دكتر عبدالحسين شاهوردي و دكتر سعيد قاضي مغربي كه از سوي رئيس جهاددانشگاهي به عنوان اعضاء هيأت علمي جهاددانشگاهي معرفي شده اند.