بودجه های پژوهشی در انتهای برنامه باید به 2 درصد تولید ناخالص ملی و یک درصد درآمدهای شرکت های خصوصی برسد. با توجه به این موضوع باید در سال جاری 25/1 درصد تولید ناخالص ملی به پژوهش اختصاص یابد اما در حال حاضر تنها یک سوم از این رقم اختصاص یافته است. معاونان وزارت خانه های مختلف کشور نیز از این موضوع ابراز نگرانی کرده اند.
به گزارش خبرنگار دانشگاهی مهر، دکتر "منصور کبگانیان" در نهمین نشست کمیسیون دائمی شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری در جمع خبرنگاران گفت: هفته پژوهش اولین مطلبی بود که در این جلسه مورد بحث قرار گرفت و پیشنهاداتی در این زمینه ارائه شد به طوریکه پیشنهادات امروز بیش از 60 درصد تحول را در هفته پژوهش سال جاری خواهد داشت.
پس از گذشت 5 ماه هنوز وضعیت بودجه های پژوهشی شفاف نیست
وی اظهار داشت: همچنین در این جلسه تمامی معاونین وزارتخانه ها از وضعیت اعتبارات تحقیقاتی در سال جاری گلایه داشتند. البته رهبر معظم انقلاب هم در دیدار خود با روسای دانشگاه ها گلایه خود را از این موضوع اعلام کرده بودند. 
معاون پژوهش و فناروی وزارت علوم گفت: مقام معظم رهبری اعلام کردند 45 درصد تولید ناخالص ملی سهم پژوهش کل کشوربرنامه ریزی شده است. بررسی های ما نیز نگران کننده است و کمتر از این میزان را برآورد می کند.
وی اظهار داشت: مقرر شد تیمی به طور دقیق آماری را که مربوط به بودجه پژوهش امسال است، شفاف سازی کند. با توجه به اینکه اکنون 2 تا 3 هفته است قانون بودجه منتشر شده و این امر جای گلایه دارد که پس از گذشت 5 ماه هنوز وضعیت بودجه های پژوهشی شفاف نیست و در این زمینه اختلاف نظر وجود دارد.
امیدواریم با توجه به تاکید مقام معظم رهبری در متمم بودجه بخشی به پژوهش اختصاص یابد
کبگانیان ابراز امیدواری کرد:  با توجه به اینکه مقام معظم رهبری تأکید داشتند که پائین آمدن این رقم خلاف قانون است، در متمم بودجه برای این موضوع برنامه ریزی صورت گیرد.
معاون پژوهش و فناوری وزارت علوم گفت: ریاست جمهوری نیز قول داده اند سهم پژوهش در متمم بیشتر شود. در غیر این صورت در زمینه پژوهش در حال سقوط هستیم.
وی با اشاره به موضوع کمیته های تخصصی در نشست کمیسیون دائمی اظهار داشت: در این جلسه 8 کمیته تخصصی انرژی، حمل و نقل و عممران، کشاورزی آب و منابع طبیعی، صنایع معادن و ارتباطات، دفاع و امنیت ملی و سیاست خارجی، فرهنگ و اجتماع، مدیریت اقتصاد و بازرگانی و سلامت امنیت و رفاه اجتماعی و دو کمیته ویژه هماهنگی اولویت های کلی و کمیته سیاست های علم و فناوری تصویب شد.