بر اساس بند «ز» تبصره 9 لايحه بودجه سال 86 ، شوراي عالي علوم، تحقيقات و فن‌آوري موظف است در سال 86 ترتيبات لازم را براي الحاق مراكز علمي و پژوهشي تمام موسسات و دستگاه‌هاي اجرايي دولت حسب مورد به وزارتخانه‌هاي علوم، تحقيقات و فن‌آوري و بهداشت، درمان و آموزش پزشكي فراهم كند.
به گزارش خبرنگار «پژوهشي» خبرگزاري دانشجويان ايران (ايسنا) ، بر اساس اين بند از لايحه بودجه « به منظور اجراي بندهاي «الف» و «د» ماده 43 قانون برنامه چهارم توسعه اقتصادي، اجتماعي و فرهنگي جمهوري اسلامي ايران، شوراي عالي علوم، تحقيقات و فن‌آوري موظف است در سال 1386 ترتيبات لازم براي الحاق مراكز علمي و پژوهشي كليه‌ي موسسات و دستگاه‌هاي اجرايي دولت حسب مورد به وزارتخانه‌هاي علوم، تحقيقات و فن‌آوري و بهداشت، درمان و آموزش پزشكي را فراهم كند به نحوي كه اين مراكز بتوانند بر اساس نظام پژوهش تقاضامحور و كاربردي و از طريق انعقاد قرارداد با دستگاه‌هاي اجرايي همكاري كنند.
آيين‌نامه اجرايي اين بند حداكثر تا پايان ارديبهشت ماه توسط دبيرخانه شورا تهيه و به تصويب هيات وزيران مي‌رسد.»
به گفته معاون پژوهشي وزير علوم در حال حاضر بيش از 60 مؤسسه پژوهشي با مجوز اين وزارتخانه زير نظر ساير وزارتخانه‌ها و دستگاه‌ها فعاليت دارند.
در فهرست بلند بالاي اين مراكز نام برخي از بزرگترين مراكز علمي و پژوهشي كشور ديده مي‌شود كه حداقل از حيث امكانات و گستردگي زمينه فعاليت‌ها جايگاه قابل توجهي در نظام پژوهش كشور دارند. با اين حال همواره بحث‌هايي در زمينه نحوه عملكرد و بازدهي اين مراكز در مجامع علمي و دانشگاهي مطرح بوده است.
به گزارش ايسنا، معاون پژوهشي وزير علوم چندي پيش و در آستانه هفته پژوهش با اشاره به توانمندي بسيار بالاي دانشگاه‌ها در پژوهش از آنها به عنوان موتور فعال علم و فن‌آوري كشور ياد كرد و از عملكرد برخي وزارتخانه‌ها در هزينه كردن بودجه‌هاي پژوهشي در پژوهشكده‌هايي كه بعضا دستاورد چنداني ندارند انتقاد كرد و اظهار داشت: «برخي پژوهشگاه‌هاي عريض و طويل و بدون بازده علمي در برخي دستگاه‌ها از نشتي‌هاي بودجه پژوهش كشورند. برخي وزارتخانه‌ها با مجوزي كه براي اين قبيل مراكز پژوهشي گرفته‌اند بودجه پژوهش را در دستگاه خود خرج مي‌كنند و بودجه‌هايي كه به دانشگاه‌ها مي‌رود با ظرفيت بالاي دانشگاهها تناسب ندارد.»
با اين حال به نظر مي‌رسد با توجه به پيوستگي و ارتباط نزديك اين مراكز با وزارتخانه‌ها و دستگاه‌هاي اجرايي مربوطه و مشكلات و چالش‌هاي موجود در ارتباط دانشگاه‌ها و مراكز تحقيقاتي دانشگاهي با صنايع و بخش‌هاي اجرايي و معضلات و كمبودهاي موجود در زمينه تخصيص اعتبارات پژوهشي، الحاق مراكز تحقيقاتي وابسته به دستگاه‌ها به وزارتخانه‌هاي علوم و بهداشت در هر سطح، چالش‌ها و پيچيدگي‌هاي تازه‌اي را در بخش پژوهش كشور ايجاد كند.
دكتر بهزاد سلطاني، مديركل امور پژوهشي وزارت علوم در پاسخ به خبرنگار ايسنا كه نظر وي را درباره چند و چون اين بند از لايحه بودجه جويا شده بود، اظهار داشت: اين پيشنهاد از سوي سازمان مديريت عنوان شده و دولت نيز آن را پذيرفته است.
وي با بيان اين كه بعد از تدوين لايحه از مفاد اين بند آگاه شده، در پاسخ به اين سوال كه وزارت علوم با توجه به كمبود اعتبارات پژوهشي خود چگونه مي‌تواند پذيراي اين موسسات پژوهشي باشد، اظهار داشت: من اين سوال پرسيده‌ام و در جواب گفته شده است كه اين موسسات با رديف‌هاي بودجه خودشان همراهي مي‌شوند.