نداشتن اطلاعات كافي در زمينه اولويت‌ها و ضرورت‌هاي پژوهشي در كشور موجب شده‌است ، بخش زيادي از تحقيقات متناسب با نيازهاي روز كشور نباشد.
هنوز در كشور ما اين پرسش پاسخ داده نشده است كه مانياز به پژوهش در چه زمينه‌هايي داريم و سمت و سوي پژوهش‌ها بايد به كدام سو باشد كاربردي يا بنيادي؟
بسياري معتقدند با توجه به اينكه پژوهش و تحقيق رمز استقلال و خودكفايي است لذا بايد حداقل ‪ ۵۰‬درصد دستاوردهاي پژوهشي پاسخگوي نيازهاي اوليه كشور باشد.
برخي ديگر معتقدند چون انجام پژوهش و ارائه مقالات در مجلات معتبر خارجي از قبيل (آي.اس.آي.) نشانه رشد توليد علم در كشور است بايد در اين جهت حركت كرد.
دكتر "پرويز داودي " معاون اول رييس جمهور در ششمين جشنواره تجليل از پژوهشگران برگزيده كشور در روز شنبه ‪ ۱۹‬آذر گفت: جامعه ما اينقدر غني نيست كه پژوهش را براي علم انجام دهد. تحقيق بايد جهت‌دهي شود و براي رفع مشكلات و نيازهاي كشور مورد استفاده قرارگيرد.
بعضي ديگر از صاحب‌نظران بر اين باورند كه راه ساده و كم هزينه آن است كه از نتايج پژوهشي ساير كشورها استفاده شود.
به گفته دكتر "رامين ميري" استاد دانشگاه شيراز اولا ديگران نتايج پژوهش‌هاي خود را رايگان در اختيار ما قرار نمي‌دهند، دوم اينكه اولويتهاي پژوهشي ساير كشورها الزاما همان اولويتهاي پژوهشي مورد نيازما نيست.
* كمبود نيروي انساني متخصص
پژوهش و فناوري در هر بخشي نيازمند نيروهاي كارآمد، باانگيزه و ابزارهاي لازم براي پرداختن به آنها است.
كمبود نيروي انساني متخصص در امور پژوهشي، ناآگاهي از روشهاي جديد و چگونگي امر تحقيق، دخالت دادن احساس و تعصب در مقوله تحقيق يكي از آفت هاي موجود در بين پژوهشگران است كه خود به يكي از تنگناهاي موجود در زمينه پژوهش مبدل شده است.
ريشه اين امر را مي‌توان در نبود ساختار مناسب در نظام آموزشي كشور در پرورش محقق توانا جستجوكرد.
اگر قرار باشد فرهنگ پژوهش به عنوان يك راهبرد در كشور نهادينه شود بايد اين فرهنگ در كودكان ايجاد شود و پژوهش به عنوان يك رويكرد نوين به طور عملي در برنامه‌ريزي درسي دانش آموزان بكارگرفته شود و ترويج روحيه پژوهشگري و تدبر در آموزش و پرورش دنبال شود.

نبود روحيه كارگروهي و عدم ترويج فرهنگ كارگروهي و ضعيف بودن پشتوانه علمي نيز از ديگر مشكلات اين بخش است.
متاسفانه آمار دقيقي از تعداد پژوهشگران در بخش‌هاي مختلف و در سطح كشور وجود ندارد.
* دولتي بودن پژوهش
پژوهش مثلثي سه وجهي است كه بخش خصوصي، دولت و دانشگاه‌ها وجوه اين مثلث است. مشكل اصلي پژوهش در كشور فقدان اتصال مناسب اين وجوه به يكديگر و ضعيف بودن بخش خصوصي در امر پژوهش است.
ضروري است بخش خصوصي به مشاركت در امر توليد فناوري، خلاقيت و پژوهش توجه كند، اما هنوز سرمايه بخش خصوصي در عرصه پژوهش چندان فعال نشده و از اين نظر ما از بسياري از كشورهاي پيشرفته عقب هستيم.
دليل بي‌رغبتي بخش خصوص به فعاليت‌هاي پژوهشي را مي‌توان در اين واقعيت يافت كه هدف اوليه هر سرمايه‌گذار بازگشت سرمايه در حداقل زمان است ولي سرمايه‌گذاري در امور پژوهشي چند سال بعد به نتيجه مي‌رسد لذا براي سرمايه گذار توجيه اقتصادي ندارد.
ارتباط ضعيف محقق با صنعتگر و صاحبان صنايع و سرمايه سبب مي‌شود پژوهشگر به رغم تلاش شبانه روزي نتواند دستاوردهاي تحقيقاتي را به توليد انبوه رسانده و آن را به مصرف‌كننده عرضه‌كند. دولتي بودن پژوهش‌ها در ايران سبب مي‌شود با تغيير مديريت‌ها بسياري از كارهانيمه تمام مانده يابه فراموشي سپرده شود و جاي خود را به طرح‌هاي بي فرجام جديد بدهد. از ديگر مضرات اين امر، عدم انتشار به موقع نتايج پژوهش‌ها و اعلام آن به جامعه است.
* ارتباط ضعيف بخش اجرايي و پژوهشي
پژوهش در عرصه‌هاي مختلف علوم و فنون موجب دستيابي آسان به راه حل‌هاي مناسب‌تر مي‌شود كه به علت ناديده گرفته شدن ازسوي برخي بخش‌هاي اجرايي اين مهم، عبث مي‌ماند.
ارتباط ضعيف مراكز پژوهشي و دستگاه‌هاي اجرايي سبب شده است كه اين دو بخش شناخت زيادي از هم نداشته باشند به ويژه بخش اجرايي كشور از توان و قابليت‌هاي پژوهشكده‌ها و مراكز تحقيقاتي بي‌اطلاع است.
اين امر سبب بروز شكاف عميق بين مجامع پژوهشي كشور و دستگاه‌هاي اجرايي و سياست‌گذاري شده‌است.
ضروت دارد كه دستگاههاي اجرايي كشور براي بهينه‌سازي امور، از نتايج و برون داد طرح‌هاي تحقيقاتي و پژوهشي دانشگاهيان و پژوهشگران براي رفع مشكلات و نيز توسعه كشور به‌خوبي استفاده كنند.
* مديريت
مديريت پژوهش در كشور ما جايگاه واقعي خود را پيدا نكرده‌است.
چندگانگي متوليان امور پژوهشي، نبود الگوي مديريت علمي و پژوهشي مناسب در مراكز پژوهشي و ضعف مديريت علمي در هدايت طرح‌هاي پژوهشي از مهم ترين موانع مديريتي پژوهش است.
در برخي نهادها، سياست‌گذاري ها در بخش پژوهش به صورت فردي ،ذوقي و پشت درهاي بسته انجام مي‌شود كه اين امر در نهايت خسارت‌هاي سنگيني را به جامعه وارد خواهدكرد.
فقدان باور پژوهشي در مسئولان يكي ديگر از مشكلات مقوله پژوهش دركشور است.
مديران كشور بايستي به اين باور برسند كه مجموعه‌هاي پژوهشي با اجراي پروژه‌هايي هر چند كوچك مي‌توانند در فرايند توسعه كشور تاثيرگذار باشند.
يادآور مي‌شود ‪ ۱۹‬تا ‪ ۲۵‬آذر ماه از سوي وزارت علوم، فناوري و تحقيقات هفته پژوهش اعلام شده‌است.