معاونت فناوری که زمزمه ایجاد آن از دوره قبل و با تغییر نام وزارت آموزش عالی به علوم تحقیقات و فناوری، آغاز شده بود به دلیل عدم ارائه چارت ساختاری قابل قبول به سازمان مدیریت و برنامه ریزی به صورت رسمی آغاز به کار نکرد و اکنون پس از بررسی های صورت گرفته و موافقت وزارت علوم با ایجاد این معاونت، چارت سازمانی آن به سازمان مدیریت ارائه می شود.
دکتر علیرضا جهانگیریان در گفتگو با خبرنگار مهر افزود: تشکیل وزارت علوم، تحقیقات و فناوری و تغییر عنوان آن از وزارت آموزش عالی به علوم، تحقیقات و فناوری به دلیل انجام بخشی از برنامه ریزی ها در حوزه فناوری بوده است. همچنانکه در ماده 99 قانون برنامه سوم ذکر شده است که وزارت آموزش عالی با هدف تغییر در ساختار به وزارت علوم، تحقیقات و فناوری تبدیل می شود.
وی اظهار داشت: در سال 1383 تغییر نام وزارتخانه به تأیید شورای نگهبان رسید و از مرداد 83 به وزارت علوم ابلاغ شد. بر اساس این ساختار جدید انسجام بخشی و برنامه ریزی در حوزه علوم، تحقیقات و فناوری و هماهنگی وظایف بین دانشگاه ها و موسسات آموزشی و پژوهشی زیر نظر وزارت علوم مأموریت های این وزارتخانه در ساختار جدید بود.
قائم مقام وزیر علوم در امور فناوری گفت: در بند الف ماده 2 قانون جدید به وزارت علوم 11 مأموریت داده شده که از این تعداد 9 مأموریت مستقیما در حوزه فناوری عنوان شده است.
وی اضافه کرد: آنچه مشخص است این است که وزارت علوم متولی برنامه ریزی های فرابخشی و کلان فناوری شده است و این برنامه ها باید در شورای عالی علوم، تحقیقات و فناوری تصویب شد.
جهانگیریان گفت: در سال 83 بر اساس قانون باید تغییراتی در چارت وزارت علوم اتفاق می افتاد و به سازمان مدیریت و برنامه ریزی برای تشکیل معاونت جدید فناوری چارت سازمانی ارائه داده می شد.
وی اظهار داشت: بررسی ها در زمینه ایجاد معاونت فناوری در وزارت علوم به طول انجامید و چارت قابل قبولی برای ایجاد معاونت فناوری به سازمان مدیریت ارائه نشد اما معاونت فناوری به صورتی داخلی در وزارت علوم تشکیل شده بود.
قائم مقام وزیر علوم در امور فناوری گفت : معاونت فناوری به عنوان معاونتی رسمی در چارت وزارت علوم قرار نداشت و تنها به صورت داخلی در وزارتخانه فعالیت می کرد به طوریکه نمی توانست نیروی تمام وقت رسمی نیز استخدام کند.
وی گفت: در هفته های آخر دولت گذشته با توجه به رویکرد جدید وزارت علوم، هیات امنایی شدن مد نظر قرار گرفت. در چارت جدیدی که در این دوران به سازمان مدیریت و برنامه ریزی ارائه شده بود، بر حذف برخی معاونت ها تأکید و ادغام معاونت پژوهش و فناوری نیز به دلیل عدم ارائه چارت سازمانی قابل قبول برای استقلال آنها یکی از این تغییرات به شمار می رفت.
جهانگیریان افزود: اگر چه وزرای سابق برای ایجاد معاونت فناوری تلاش کرده بودند اما دولت جدید پس از روی کار آمدن با موضوع ادغام پژوهش و فناوری رو به رو بود. وزیر علوم جدید نیز به دلیل عدم وجود چارت سازمانی قابل قبول در آن زمان  ادغام را تا بررسی بیشتر پذیرفت و اکنون پس از بررسی ها و مطالعات به عمل آمده شرایط برای ایجاد معاونت فناوری در وزارت علوم فراهم شده است.
وی اظهار داشت: این طرح در شورای معاونین وزارتخانه انجام و تأیید شد و 95 درصد از فعالیت های لازم برای استقلال معاونت فناوری از پژوهشی در وزارت علوم فراهم شده است.
قائم مقام وزیر علوم در امور فناوری ابراز امیدواری کرد، سازمان مدیریت نیز با بررسی چارت جدید موافقت به عمل آورد.
وی افزود : وزارت علوم برای موافقت سازمان مدیریت با این طرح بسیاری از مسایل مانند کوچک شدن ساختار دولت را در طرح جدید لحاظ کرده و در تلاش برای تحقق رسمیت این معاونت است.
وزیر علوم، تحقیقات و فناوری نیز در گفتگو با مهر از احیای معاونت فناوری خبر داد و گفت : پیشنهاد ایجاد این معاونت را به سازمان مدیریت و برنامه ریزی کشور ارائه کرده ایم که امیدواریم با توجه به اهمیت این معاونت به تصویب نهایی برسد.