پژوهش در جهاددانشگاهي يکي از ماموريتهاي مهم سازماني اين نهاد است که از ابتداي تاسيس اين نهاد انقلاب اسلامي در سال 1359 سهمی تعيين كننده در ساختار فعاليتهاي اين نهاد  داشته است.
در اساسنامه جهاددانشگاهي که به تصويب شوراي عالي انقلاب فرهنگي رسيده است 2 هدف از سه هدف مصوب و 5 وظيفه از 9 وظيفه کلي جهاددانشگاهي به فعاليتهاي تحقيقاتي این نهاد معطوف است.
جهاددانشگاهي در طي  عمر 26 ساله خود توانسته است بالغ بر 5500 پروژه تحقيقاتي را که بخش عمده و قريب به اتفاق آنها پروژه‌هايي کاربردي و توسعه‌اي بوده را به انجام برساند و هم‌اکنون يعني در مرداد ماه سال 1385 نيز بالغ بر 1050 پروژه تحقيقاتي را در دست اجرا دارد، که از مجموع پروژه‌هاي در دست اجراي فعلي، بالغ بر 350 پروژه آن با استفاده از منابع داخلي سازمان و مابقي پروژه‌هايي است که توسط کارفرماهايي از بخش‌هاي مختلف صنعتي و اقتصادي، خدماتي و کشاورزي کشور تامين اعتبار مالي شده است.
پژوهش در جهاددانشگاهي در دو بخش انجام پروژه‌ها و طرح پژوهشي، ارائه خدمات و مشاوره‌هاي تخصصي و فني ،و از جهت ساختارهاي تشکيلاتي انجام فعاليتهاي پژوهشي،در قالب گروههاي پژوهشي و مراکز خدمات فني و تخصصي انجام مي شود. در حال حاضر در مجموعه جهاددانشگاهي 41 واحد و 14 پژوهشکده در سراسر کشور به انجام فعاليتهاي پژوهشي مبادرت مي‌ورزند، هر واحد يا پژوهشكده مركب از تعدادي گروه و مراكز خدمات تخصصي مي باشد.
پژوهش در جهاددانشگاهي داراي چند خصيصه مهم و تعيين کننده است که در نگاهي گذرا و اجمالي اهم آنها عبارتند از: 1- نوع تحقيق: تحقيق و پژوهش در جهاددانشگاهي از حيث دسته‌بندي مرسوم تحقيقات، عمدتاً به انواع تحقيقات کاربردي و توسعه‌اي معطوف است. از آنجايي که کاربرد نتيجه پژوهش همواره يکي از دغدغه‌هاي اصلي تحقيقات جهاددانشگاهي بوده و اين نهاد بر آنست که همه فعاليتهاي خود را معطوف به عمل و بهبود روندهای علمي- فني و تخصصي جامعه نمايد، لذا تمرکز فعاليتهاي پژوهشي خود را بر ارائه خدمات و مشاوره‌هاي فني و تخصصي و نيز انجام پژوهشهاي کاربردي و توسعه‌اي قرار داده است. بررسيها نشان مي‌دهد بيش از 90% طرح‌ها و پروژه‌هاي تحقيقاتي جهاددانشگاهي در زمره طرحهاي کاربردي و توسعه‌ايقرار دارد.
2- کارفرمايي بودن پژوهشها: از آنجايي که جهاددانشگاهي همواره به فرايند کاربرد نتايج تحقيقات مقید بوده است، لذا تلاش کرده تا انتخاب پروژه‌هاي تحقيقاتي بر اساس نيازهاي سازمان‌ها، نهادها و موسسات علمي، فني و صنعتي کشور صورت گيرد و از ابتدا برآن بوده تا دستگاهي سفارش تحقيق را بدهد تا در پايان کار نيز نتايج تحقيقات براي رفع نياز مشخص اعلام شده بكار برده شود . بيش از2/3 طرحهاي پژوهشي جهاددانشگاهي داراي کارفرماي مشخص بوده است، اين نوع نگاه به پژوهش توانسته است در جهت حذف يا کاهش معضل موجود در نظام تحقيقات کشور- يعني عدم کاربرد تحقيقات در کشور- مددهايي جدي برساند.
3- نيروي انساني: نيروي انساني فعال در بخش پژوهش و تحقيقات در جهاددانشگاهي نيروهايي متخصص، متعهد و باانگيزه و خلاق و مبتکر بوده و هستند، تمامي اين نيروها از بين دانشجويان ، فارغ التحصيلان و اعضاي هيات علمي جوان دانشگاهها و مراکز تحقيقاتي کشور انتخاب و با توان تخصصي بالا، بايد انگيزه فعاليت تخصصي قابل توجه براي رفع نيازهاي کشور، خلاقیت و تعهد قابل اعتنايي که در آنها وجود دارد ، فضايي سازنده، صميمي، ايماني، تخصصي و خلاق در حوزه پژوهش جهاددانشگاهي ايجاد شده است. از حيث سطح تخصصي نيروها نيز از مجموع 1265 همکار تمام وقتي که در حوزه پژوهش جهاددانشگاهي در سال 84 فعال بوده‌اند بيش از 68% آنها داراي مدرک تحصيلي حداقل ليسانس و 43% آنها داراي مدرك فوق ليسانس و بالاتر و سابقه فعاليت تخصصي بيش از 5 سال بوده‌اند.
4- خوداتکايي مالی: تلاش براي انجام تحقيقات بازارگرا و اتکاي مالي حوزه پژوهش به فعاليتهاي خود در جهاددانشگاهي، از سالهاي اوليه شروع کار تحقيقاتي يک اصل مهم و بدون جايگزين در اين نهاد بوده است، آمارهاي مالی نشان مي‌دهد جهاددانشگاهي نهادي است که بيش از 80% هزينه‌هاي سازماني خود را خود تامين مي‌کند و اينهمه در حالي است که بخشي از وظايف و ماموريتهاي اين نهاد وظايف و ماموريتهاي حاکميتي و عمومي است. حوزه پژوهشي در اين نهاد قريب 85% هزينه‌هاي خود را تامين مي‌کند، ميزان کمکهاي دولتي که در اين بخش هزينه مي‌شود حدود 16% هزينه بخش تحقيقات در جهاددانشگاهي است.
اين حوزه در طي سال 1384 توانسته است تعداد 557  قرار داد طرح پژوهشي را با موسسات، نهادها و دستگاههاي صنعتي، کشاورزي، خدماتي و اجرايي کشور منعقد نمايد، اگر حجم ريالي قراردادها و خدمات تخصصي و مشلوره ای که اين نهاد در سال 84 به جامعه ارائه کرده را در نظر بگیریم جمع ريالي فعاليتهاي پژوهشي جهاددانشگاهی بالغ بر 000/000/000/445 مي‌شود که با احتساب قريب به 000/000/000/85 ريال کمک‌هاي مالی دولت به حوزه پژوهش‌ جهاددانشگاهي، مجموعه حجم ريالي فعاليتهاي پژوهشي اين نهاد نزدیک به 000/000/000/530 مي‌گردد.
5- ساختار منعطف: ساختار سازماني و تشکيلاتي در حوزه پژوهشي جهاددانشگاهي ساختاری منعطف است، سازمان پژوهش در جهاد ضمن عنايت به ساختارهاي رسمي کشور حجمي کوچک و منعطف دارد که متناسب با شرايط زماني و اقتضاي کار مي‌تواند به سرعت کوچک يا بزرگ شود اين ساختار يک هسته ثابت دو يا سه نفره دارد که متناسب با حجم فعاليت‌ها بصورت ماتریسي قابليت بزرگ شدن براي انجام پروژه‌ها و سپس بازگشت سريع به هسته اول در زمان پايان پروژه‌ها را دارد، تعداد نيروهاي تمام وقت و ثابت جهاددانشگاهي معمولا معادل 6/1  تعداد نيروهاي فعال در حوزه پژوهش است فعاليتهاي پژوهشي  در اين نهاد اغلب بصورت پروژه‌اي دنبال مي شود .
در سايه خصايص و ويژگيهاي اينچنيني است که از دل سازماني چنين کوچک پروژه‌ها و تحقيقاتي به ثمر مي‌رسد که بسياري از آنها براي اولين بار در کشور صورت مي‌گيرد و باعث کاهش اتکا و وابستگي يکطرفه علمي و تکنولوژيک جامعه به خارج از مرزها مي‌گردد، و بسياري از آنها به جشنواره‌ها، کنفرانسها، سمينارها و سمپوزيوم‌هاي علمي و تخصصي داخلي و خارجي مي‌درخشد در پايان اين نوشته بعنوان نمونه و مشتي از خروار چند کار مهم و برجسته تحقيقاتي اختتام يافته اين نهاد خدوم در سال 84 را فهرست‌وار به اطلاع مي رساند:
- جداسازي و تکثير سلولهاي بنيادي فرانشيمي از مغز استخوان و تمايز آنها به سلولهاي استخواني.
- کشت و تکثير سلولهاي بنيادي ليمبال در محيط آزمايشگاه و پيوند آن به بيماران با نقص سلولهاي بنيادي ليمبال
- پيوند اتولوگ بن ياخته‌هاي مغز انسان به قلب گروه SBDC
- توليد سلولهاي قرنیه و کبدي از سلولهاي بنيادي
- طراحي و ساخت سیليکاژل کروي و دستگاه نيمه صنعتي آن
- طراحي و ساخت "مقاومت فولادي"
- طراحي و ساخت منابع تغذيه صنعتي DC, AC, UPC
- طراحي و ساخت دستگاه انجماد سريع تحت خلاء
- دستيابي به تکنولولوژي طراحي و ساخت UPSهاي پرقدرت موازي
- طراحي و ساخت سيستم غبارگيري الکترو استاتيک آلکالي باي پاس
- طراحي و توليد سم علف‌کش بنتازون، سم قارچ‌ کش متيل ميدازول 2 کاربامات
- توليد مجموعه‌اي از آنتي بادي‌هاي منوکلونال بر عليه شاخص‌هاي آنتي‌ژن سطح اسپرم انسان
- طراحي و ساخت فرستنده KW600 راديويي در باند AM
- طراحي و ساخت قطعات مورد نياز خط DANOBAT و خط مونتاژ موتور اتومبيل
- بررسي و نقد انديشه سياسي در متفکران جهان اسلام از فروپاشي عثماني تا پايان قرن بيستم
- و... 
                                                                                                                
                                                                                   حمید امین اسماعیلی 
                                                                      معاون پژوهش و فناوري جهاددانشگاهي